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Aufbau integrativer Werkzeuge zur OneHealth Surveillance (EJP BeONE)

01/2020-07/2022

Förderprogramm / Mittelgeber: Horizon 2020

Internetseite des Drittmittelprojektes: https://onehealthejp.eu/jrp-beone/

Beschreibung des Projektes:

BeONE wird ein integriertes Überwachungs-Dashboard entwickeln, in dem molekulare und epidemiologische Daten zu lebensmittelbedingten Krankheitserregern von den entsprechenden Experten interdisziplinär und sektorübergreifend interaktiv analysiert, visualisiert und interpretiert werden können. 

Die Überwachung von lebensmittelbedingten Infektionen und die Erkennung/Untersuchung von Ausbrüchen wird in erster Linie auf nationaler oder regionaler Ebene mit mehreren Institutionen/Parteien, die verschiedene Sektoren und Disziplinen abdecken, durchgeführt. Die kontinuierliche Zunahme der Komplexität der zu analysierenden und zu integrierenden Daten, z.B. epidemiologische und genomische Daten, sowie die Notwendigkeit einer internationalen Zusammenarbeit bei der Lösung von Ausbrüchen in mehreren Ländern erhöht den Bedarf an Informatikinstrumenten, die die Integration der verschiedenen Datentypen ermöglichen und ihre Visualisierung und Interpretation erleichtern.

Aufbauend auf früheren Erfahrungen und bestehenden Komponenten werden wir ein Werkzeug schaffen, das speziell auf Institutionen im Bereich öffentliche Gesundheit/Tiergesundheit/Lebensmittelsicherheit zugeschnitten ist, die einen zunehmenden Bedarf an gemeinsamen Analysen komplexer Daten haben, die auf beiden Seiten der traditionellen Grenze zwischen Epidemiologie und Mikrobiologie gesammelt wurden, und an der Einrichtung enger Kooperationen, ohne die Vertraulichkeit der Probenlieferanten zu gefährden. Die Notwendigkeit einer gemeinsamen Analyse von integrierten genomischen und epidemiologischen Daten erfordert neuartige Signaldetektionsalgorithmen, die entwickelt werden, um eine umfassendere, reproduzierbare und auf Mehrfach-Evidenz basierende Untersuchung von Ausbrüchen zu ermöglichen. Wir werden die Verwendung dynamischer Ähnlichkeitsschwellen für verschiedene epidemiologische Situationen einführen und die Cluster-Kongruenz zwischen verschiedenen genomsequenzbasierten Typisierungsansätzen untersuchen. Das entwickelte Dashboard und die Algorithmen werden darauf abzielen, die Bedürfnisse der nationalen Institutionen für die Kommunikation mit den EU-weiten Systemen, z.B. TESSy und der künftigen gemeinsamen Datenbank von ECDC/EFSA für genomische Daten, zu erfüllen. Das Projekt wird uns über den Stand der Technik hinausbringen, indem es ein maßgeschneidertes Überwachungssystem entwickelt, die konsistente Definition von Ausbrüchen über Domänen und Länder hinweg durch die Verwendung neuer Algorithmen auf der Grundlage integrierter genomischer und epidemiologischer Daten erleichtert und die Kommunikation und den flexiblen Datenaustausch erleichtert.

Die Entwicklung im Projekt wird unter Beteiligung einer breiten Palette von Partnern und Experten hauptsächlich von Partnern mit Erfahrung in der Anwendung der molekularen Epidemiologie, WGS und Bioinformatik in der Surevillance durchgeführt. Das Projekt zielt darauf ab, die Bedürfnisse der Partner auf allen Erfahrungsebenen zu erfüllen, und es ist das Ziel, dass das Projekt einen reibungslosen und effizienten Übergang zu einer WGS-basierten und integrierten Überwachung in ganz Europa unterstützen kann.

Projektpartner

• Rijksinstituut Voor Volksgezondheid En Milieu
• Statens Serum Institute
• Instituto de Saude

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